10 novembre 2026
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10 novembre 2026

Fattura elettronica rifiutata dalla PA: quando serve la nota di credito e come procedere

Autore: Redazione Fiscal Focus

Un'impresa ha emesso una fattura elettronica nei confronti di un Comune, regolarmente trasmessa e consegnata tramite il Sistema di Interscambio. Successivamente, l'ente ha rifiutato il documento perché l'importo fatturato risulta superiore a quello effettivamente dovuto. È necessario emettere una nota di credito e trasmettere una nuova fattura oppure è possibile correggere e reinviare quella originaria?

Il rifiuto di una fattura elettronica da parte della Pubblica Amministrazione non determina automaticamente l'annullamento del documento già trasmesso. Per individuare la procedura corretta occorre distinguere lo scarto effettuato dal Sistema di Interscambio (SdI) dal rifiuto comunicato dall'amministrazione destinataria.

Nel caso prospettato, la fattura ha superato i controlli dello SdI ed è stata regolarmente consegnata al Comune. Pertanto, il successivo rifiuto non fa venir meno l'avvenuta emissione, né consente al fornitore di modificare direttamente il documento originario.

L'articolo 2, comma 4, del D.M. n. 55 del 3 aprile 2013 stabilisce che la fattura elettronica si considera trasmessa e ricevuta dalla Pubblica Amministrazione con il rilascio della ricevuta di consegna. Tale circostanza assume rilevanza anche ai fini della successiva regolarizzazione.

Occorre inoltre considerare che la facoltà di rifiuto delle fatture da parte delle amministrazioni pubbliche non è illimitata. L'articolo 2-bis del medesimo decreto individua specifiche ipotesi nelle quali il rifiuto è consentito, tra cui l'errata indicazione del CIG o del CUP, quando obbligatori, e l'emissione di una fattura riferita a un'operazione non effettuata nei confronti dell'ente destinatario.

La disposizione precisa, inoltre, che la PA non può rifiutare una fattura quando le informazioni contestate possono essere corrette mediante le procedure di variazione previste dall'articolo 26 del D.P.R. n. 633/1972.

Nel caso di una fattura che riporti un corrispettivo superiore a quello effettivamente dovuto, la regolarizzazione deve quindi avvenire attraverso l'emissione di una nota di credito, senza considerare il rifiuto dell'ente come una cancellazione della fattura.

Si ipotizzi, ad esempio, che l'impresa abbia emesso una fattura di 10.000 euro, oltre IVA al 22%, mentre il corrispettivo effettivamente spettante sia pari a 8.000 euro, oltre IVA.

Il fornitore può emettere una nota di credito parziale di 2.000 euro, oltre IVA per 440 euro, utilizzando il tipo documento TD04, così da rettificare l'importo eccedente. In questa ipotesi non è necessario annullare integralmente la fattura e procedere a una nuova emissione, poiché la variazione riguarda soltanto una parte del corrispettivo.

Qualora, invece, l'errore richieda la sostituzione integrale del documento, è possibile emettere una nota di credito TD04 a storno della fattura originaria e successivamente trasmettere una nuova fattura con autonoma numerazione e dati corretti.

La nota di variazione deve essere predisposta come documento XML autonomo, contenere gli opportuni riferimenti alla fattura rettificata ed essere trasmessa tramite SdI all'ufficio della PA destinatario del documento originario, salvo diverse indicazioni dell'ente.

Diversa è la situazione in cui la fattura venga scartata direttamente dallo SdI. In questo caso il documento non risulta consegnato e il fornitore può limitarsi a correggere l'errore segnalato e procedere a una nuova trasmissione, senza emettere alcuna nota di credito.

Nel caso esaminato, pertanto, la soluzione dipende dall'entità della rettifica necessaria: se l'errore riguarda soltanto l'importo eccedente, è sufficiente una nota di credito parziale; se occorre sostituire l'intero documento, si procede allo storno e alla successiva emissione della fattura corretta.

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