Farmacie, fatture e POS: come gestire il collegamento RT senza impazzire con i disallineamenti?

Il punto di partenza è distinguere bene che cosa si sta certificando e che cosa si sta incassando, perché nel mondo delle farmacie le due cose non sempre coincidono in modo lineare.

Da un lato, la farmacia è normalmente un soggetto che certifica al minuto tramite documento commerciale e quindi rientra nella logica dei corrispettivi telematici, disciplinata dall’articolo 2 del D.Lgs. 127/2015 e dalle regole tecniche del registratore telematico. Dall’altro lato, la farmacia, quando emette fattura, sposta la singola operazione fuori dal perimetro corrispettivi e dentro la documentazione tipica della fattura IVA (articoli 21 e seguenti del DPR 633/1972), fermo restando che per le operazioni al minuto l’articolo 22 del DPR 633/1972 continua a consentire la certificazione alternativa tramite corrispettivo, salvo richiesta di fattura o casi specifici.

Qui entra la particolarità del settore sanitario. Per molte prestazioni o operazioni verso persone fisiche, il legislatore ha stabilizzato il divieto di emissione della fattura elettronica via SdI per ragioni di privacy, intervenendo sull’articolo 10-bis del DL 119/2018, che oggi è a regime e non più prorogato anno per anno. In pratica, per la parte sanitaria verso consumatori finali, con dati potenzialmente sensibili, la fattura elettronica non è la strada, e la fattura resta cartacea o comunque extra-SdI. Questo spiega perché, in farmacia, possano coesistere RT per i corrispettivi e fatture cartacee per specifiche casistiche.

Sul fronte pagamenti, dal 2026 si è aggiunto un tassello: l’obbligo di collegamento tra strumenti di pagamento elettronico e strumenti di memorizzazione o trasmissione dei corrispettivi (RT o soluzioni RT) introdotto dalla Legge di Bilancio 2025 (legge n. 207/2024) e attuato con provvedimento dell’Agenzia delle Entrate n. 424470 del 31 ottobre 2025. L’Agenzia ha inoltre messo a disposizione un’area tematica con guida e FAQ operative e ha comunicato che le regole scattano per le operazioni effettuate dal 1° gennaio 2026, con operatività concretamente gestita tramite servizi online nell’area “Fatture e Corrispettivi”.

La farmacia avrà anche RT e quindi, se accetta pagamenti elettronici, deve effettuare il collegamento RT-POS per i terminali in uso. Questo adempimento non dipende dal fatto che la farmacia emetta anche fatture cartacee, ma dipende dal fatto che la farmacia è un soggetto che memorizza e trasmette corrispettivi e incassa anche con strumenti elettronici.

Tuttavia, se la farmacia incassa con POS anche operazioni documentate da fattura - cartacea o elettronica, a seconda dei casi -, è inevitabile un disallineamento numerico tra il totale dei pagamenti POS e il totale dei pagamenti elettronici risultanti dai corrispettivi trasmessi dall’RT. Non è un’anomalia in sé, è proprio una conseguenza contabile naturale della coesistenza di due canali documentali: il POS fotografa l’incasso, l’RT fotografa solo gli incassi relativi a operazioni certificate come corrispettivi. Le fatture, invece, “vivono” nei registri IVA e nella contabilità, non nel totale corrispettivi (salvo errori operativi di doppia certificazione che vanno evitati).

Quindi che fare? Il comportamento corretto è mantenere una regola interna semplice: quando si emette fattura, non si deve far passare la stessa operazione come corrispettivo su RT, perché il rischio non è il disallineamento RT-POS, che è spiegabile, ma la duplicazione del volume d’affari. Il disallineamento, al contrario, diventa fisiologico e difendibile, perché riconciliabile con la contabilità delle fatture emesse e con l’evidenza dei pagamenti incassati tramite POS.

In una farmacia tipicamente in contabilità ordinaria, la riconciliazione è più lineare, perché si dispone di un set informativo completo - registri IVA, prima nota, estratti conto, dettaglio POS/acquirer - per spiegare perché il POS è più alto dell’RT. L’importante è che la procedura interna produca una riconciliazione periodica che separi i pagamenti elettronici relativi a corrispettivi da quelli relativi a fatture, così da rendere immediata la lettura anche in caso di interlocuzione con l’Amministrazione, in un contesto in cui l’obiettivo dichiarato del collegamento è proprio aumentare la coerenza e la tracciabilità tra pagamenti e certificazione.